Según el ayuntamiento, el valle de San Martín ya tenía habitantes en la época prehispánica los cuales eran descendientes de los pueblos huejotzingas, tlaxcaltecas y cholultecas. Pasada la conquista, españoles campesinos dedicados a la siembra comenzaron a establecerse en el sitio, aunque aquellos grupos de dedicaban constantemente a asediarlos. Esto no le gustaba al gobierno virreinal, ya que para ellos era necesario tener el control sobre los que consideraban “barbaros por lo que funda el pueblo de San Martín Obispo y así poder organizar a los pobladores.
Este hecho adquiere importancia y se comienza a buscar la evangelización de los residentes del lugar con la instalación de frailes franciscanos, también se convierte en cabecera del partido, por lo tanto se comienzan a anexar comunidades colindantes, como parte de su autoridad. Por último, cabe mencionar que las actividades comerciales eran escasas y se limitaba a la parte central del lugar.
Pasado el tiempo empezó a tomar importancia el desarrollo de actividades comerciantes; el primer paso fue cuando el gobierno virreinal coloco una casilla dedicada al cobro de transporte de mercancías (una especie de aduana), lo que transformo a San Martín en un pueblo de cargas e impuestos. Este intercambio se realizaba mayormente entre los viajeros que recorrían por el camino real México – Puebla.
En 1861, el desarrollo de San Martin se ve frenado por un corto periodo debido a que es invadido por el ejército conservador. Teniendo la victoria, ya siendo el 31 de agosto de 1861, es elevado, por el Congreso poblano, a categoría de ciudad por la heroica defensa del teniente Albino Labastida. Con esto, se le abrían las puertas a San Martin, ya que, con este singular nombramiento y su nueva categoría político administrativa, seria visible e involucrada en el desarrollo de proyectos a nivel estatal e incluso nacional. Un año después, fortifican a su ejército y al sitio mismo para defender del ejército francés, después de eso, en 1863, se organiza el plan para la recuperación de la ciudad de Puebla por Ignacio Comonfort.
En el ámbito comercial se considera a San Martin una zona estratégica ya que su ubicación forma un triángulo con las ciudades de Tlaxcala y Puebla, Texmelucan fundo paso hacia las dos capitales a partir de la Ciudad de México; así, en el proyecto “rutas” realizado al principio del Porfiriato, se consideró en primeros lugares a la estación de ferrocarril de San Martín.
La producción de chile poblano realizada en la junta auxiliar de San Rafael Tlanalapan cobro gran importancia en la agricultura, y se volvió la producción de chile más famosa del estado de Puebla por su característico sabor.
Terminando la invasión francesa, las haciendas cerealeras de San Antonio Chautla y San Damián ganan un significativo crecimiento.